Wahlhausen liegt an der thüringisch/hessischen Grenze und in unmittelbarer Nachbarschaft des Kurortes Bad Sooden-Allendorf. Direkt am Werraufer gelegen, führt ebenfalls die Deutsche Märchenstraße durch den Ort.
Eingerahmt wird die Dorfflur im Norden von einem Höhenzug des Eichfeldes, dem Höheberg und vom Südosten von den Vorbergen der Gobert, der Heier und dem Stadtholz. An das linke Werraufer reichen die Ausläufer des Meißners mit dem großen Ahrenberg ziemlich dicht heran und sorgen somit für einen hohen landschaftlichen Reiz des Ortes. Die erste überlieferte Urkunde ist aus dem Jahr 1243 datiert.
Sehenswert ist die im Jahre 1718 erbaute Wahlhäuser Margareten-Kirche. Die Bauweise unterscheidet sich völlig von den anderen Gotteshäusern in der Umgebung. Zwei umlaufende Emporen zeigen Szenen aus dem alten Testament und dem neuen Testament. Diese Malereien entstanden um 1775.
